El edificio donde Neo toma la pastilla roja es el mismo en el que atrapan a Morfeo, y la película empieza y acaba en el mismo hotel. Esta conexión parece que la descubre el Agente Smith que cuando se da cuenta de que vuelven al mismo edificio espera a Neo en la misma habitación donde descubren a Trinity.

Cuando Neo está hablando con el Oráculo, este le dice que tiene que decidir entre su vida y la de Morfeo, y además que el no es el Elegido, que tal vez lo sea en otra vida. Esto ocurre realmente ya que Neo muere y cuando resucita lo hace como el Elegido.

El color rojo en la ropa de Cypher se puede deber al hecho de que, según la tradición, Judas Iscariote era pelirrojo.

Está inspirada en la "Alegoría de la Caverna" de Platón. También hay una gran referencia a las primeras meditaciones de Descartes.

Cuando Neo está siendo regañado por su jefe por llegar tarde, vemos a dos limpiaventanas trabajando, ellos son los hermanos Wachowski.

El nombre completo del hotel que utilizan como cuartel general es "Heart o the city hotel".

Hubo días que al terminar el rodaje Keanu Reeves, se metía literalmente en una bañera con hielo, debido al intenso esfuerzo físico.

Todas las referencias a cruces (como por ejemplo Wells y Lake) son intersecciones reales en Chicago, USA, la ciudad donde viven los hermanos Wachowski.

Antes del rodaje, los actores principales invirtieron cuatro meses con expertos en artes marciales, para aprender todos los movimientos. El lapso fue desde octubre de 1997 hasta marzo de 1998.